MoveOnBoot löscht, verschiebt oder kopiert Dateien direkt beim Starten von Windows. Oftmals lassen sich Dateien im normalen Betrieb von Windows nicht löschen oder verschieben, da andere Nutzer, Programme oder Prozesse gerade auf die Datei zugreifen. Windows zeigt dann eine Fehlermeldung nach dem Motto "Datei kann nicht gelöscht werden, da sie von einem anderen Programm verwendet wird".
Leider sagt ihnen Windows jedoch nicht, welches Programm dies ist. Somit gibt es Dateien, die sich mit normalen Mitteln nicht löschen lassen. MoveOnBoot starten direkt zusammen mit Windows und löscht, kopiert oder verschiebt solche Dateien, noch bevor andere Programme Zugriff auf die Datei nehmen können und umgeht somit eine solche Dateisperre.