MediaJoin fügt mehrere einzelne kleine Audio- und Video-Dateien zusammen zu einer großen Datei. Dabei werden für Audio die Formate MP3, OGG, WAV und WMA unterstütz. Bei Videodateien können die Dateiformate AVI, MPEG-1, MPEG-2 und WMV zusammengeschnitten werden.
Dabei können auch unterschiedliche Dateiformate wie bsw. MP3-, WMA- und WAV-Dateien zu einer OGG-Datei zusammengefügt werden. Möchten sie mehrere Videos zusammenschneiden, dann spielt es auch hierbei keine Rolle, welches Dateiformat, Auflösung, Codec oder Framerate die Ausgangsvideos haben.
MediaJoin führt für alle Dateien, die zusammengefügt werden sollen, ein Re-Encoding durch. Dabei können sie dann bsw. auch angeben, welchen Codec, Auflösung oder Bitrate die zusammengefügte Media-Datei haben soll. Somit können sie MediaJoin auch als einfachen Konverter für die unterstützten Dateiformate verwenden.